U aprilu 1996. godine predstavljen je potpuno novi model, Škoda Octavia. Tri godine kasnije dolazi Škoda Fabia, a 2001. je predstavljena nova luksuzna limuzina u višoj srednjoj klasi, Škoda Superb. Proizvodni pogoni se grade u Rusiji, Kini i Indiji.
U Mladoj Boleslavi se proizvodi milionito vozilo marke Škoda od osnivanja zajedničkog preduzeća sa VW. Predstavljena je Škoda Octavia. Ova druga proizvodna serija brenda utire put ka uspehu kompanije u kasnijim godinama.
Po prvi put Škoda proizvodi više od 400.000 vozila godišnje, koja se izvoze u 70 zemalja.
Škoda ulazi u kategoriju svetskih reli automobila (WRC). Na sajmu automobila u Frankfurtu predstavljena je apsolutno nova Škoda Fabia, a godinu dana kasnije dopunjena je Fabia Combi.
Škoda osniva u Mladoj Boleslavi prvi kompanijski univerzitet u Češkoj Republici: Škoda Auto Univerzitet.
Škoda Octavia RS je do sada najbrže serijsko vozilo brenda. Pod tradicionalnim imenom Superb, Škoda predstavlja novi luksuzni model koji odgovara modelima viših klasa od 1934. do 1949. U Aurangabadu, Indija, Škoda otvara svoju prvu fabriku van Evrope.
Fabia WRC ima svoju premijeru na sajmu automobila u Ženevi.