1996 - 2005
U aprilu 1996. godine predstavljen je potpuno novi model, Škoda Octavia. Tri godine kasnije dolazi Škoda Fabia, a 2001. je predstavljena nova luksuzna limuzina u višoj srednjoj klasi, Škoda Superb. Proizvodni pogoni se grade u Rusiji, Kini i Indiji.
1996
U Mladoj Boleslavi se proizvodi milionito vozilo marke Škoda od osnivanja zajedničkog preduzeća sa VW. Predstavljena je Škoda Octavia. Ova druga proizvodna serija brenda utire put ka uspehu kompanije u kasnijim godinama.
1998
Po prvi put Škoda proizvodi više od 400.000 vozila godišnje, koja se izvoze u 70 zemalja.
1999
Škoda ulazi u kategoriju svetskih reli automobila (WRC). Na sajmu automobila u Frankfurtu predstavljena je apsolutno nova Škoda Fabia, a godinu dana kasnije dopunjena je Fabia Combi.
2000
Škoda osniva u Mladoj Boleslavi prvi kompanijski univerzitet u Češkoj Republici: Škoda Auto Univerzitet.
2001
Škoda Octavia RS je do sada najbrže serijsko vozilo brenda. Pod tradicionalnim imenom Superb, Škoda predstavlja novi luksuzni model koji odgovara modelima viših klasa od 1934. do 1949. U Aurangabadu, Indija, Škoda otvara svoju prvu fabriku van Evrope.
2003
Fabia WRC ima svoju premijeru na sajmu automobila u Ženevi.